小説家。1872年3月25日、筑摩県馬籠村（現在の長野県西筑摩郡山口村）で、島崎正樹の四男として生まれる。本名、春樹。島崎家は中山道の馬籠宿で代々本陣と庄屋をつとめたが、維新の変動で没落する。父の正樹は旧家の弊で、異母妹と近親相姦を犯す一方、国学に志し、平田鐡胤門下にはいるという革新的な面もあった。国学の徒として御一新に夢を託すが、明治政府に旧来の特権を次々と奪われ、戸長（もとの庄屋）という職をあたえられるが、御用林問題で奔走したために、戸長辞任を余儀なくされる。
9歳の時、父と長兄のはからいで、勉学のためにすぐ上の兄とともに上京、長姉の家に世話になる。泰明小学校に通うが、翌年、姉の家が木曾にもどったために、同郷の吉村忠道の書生となり、以後、吉村の援助で学業をつづける。1886年、三田英学校（錦城中学校）をへて、共立学校（開成中学）に転校。この年、郷里で父が亡くなる。1887年、明治学院普通部本科に入学。翌年、芝高輪の台町教会（現在の高輪教会）で、共立学校時代の恩師、木村熊二により受洗。1891年、明治学院を卒業。吉村が横浜に開いた舶来雑貨店を手伝う。親族の葬儀で10年ぶりに馬籠に帰る。
1892年、明治女学校高等科英文科の教師となるが、郷里では長兄が生家の不動産を売却する。翌年、北村透谷らと「文學界」を創刊。教え子を愛したことから辞職を余儀なくされ、教会も離れる。関西を10ヶ月余、旅した後、吉村家にもどり、明治女学校に復職するが、その直後、北村の自殺にあう。
1897年、『若菜集』を刊行。翌年、『一葉舟』、『夏草』を出し、文名があがるが、早くも詩人としての限界に直面し、小説を試みるようになる。1899年、小諸義塾の教師になり、秦冬子と結婚して同地に6年をすごす。1905年、『破戒』を完成した島崎は小諸義塾を退職し、小説で身を立てる覚悟で上京する。翌年、妻の実家から借りた金で同作を自費出版し、当時として破格の1500部を売りきるが、困窮のために、三人の娘をあいついで亡くしている。1908年、東京朝日新聞に長編第二作『春』を、翌々年には第三長編『家』と、自伝的な大作を次々と発表し、小説家としての地歩を固めたものの、産褥で妻が急死する。
子供の世話のために姪二人を住みこませるが、妹の方と関係が生じ、妊娠させてしまう。江戸の余風の残る当時の日本では、姪に手をつけるぐらい、どうということはなかったが、キリスト教道徳に親しんでいた島崎は深刻に悩んだ。フランス留学を口実に日本を逃げだし、第一次大戦に遭遇する。滞在は三年におよんだ。1916年、帰朝後、早大と慶大でフランス文学を講じた。1918年から翌年にかけて、姪との近親相姦を題材にした『新生』を連載する。
1928年、加藤静子と再婚。『夜明け前』の準備にかかり、翌年から「中央公論」に連載し、1935年に完結。島崎の最後の大作であり、最高傑作である。この年、大倉喜七郎の援助で日本ペンクラブを設立し、日中戦争がはじまってからも、可能な限り国際ペンクラブとの連絡を保とうとつとめる。
1943年8月22日、死去。71歳だった。